Nhà thơ Thanh Quế tên khai sinh là Phan Thanh Quế, sinh ngày 26 tháng 2 năm 1945 tại làng Phú Thạnh, xã An Chấn, huyện Tuy An, tỉnh Phú Yên. Ông sinh ra trong một gia đình có truyền thống cách mạng nhưng không ai theo nghiệp văn chương.[3]

Năm 1954, ông theo gia đình tập kết ra Bắc, rồi học tại Trường học sinh miền Nam. Năm 1963, ông đậu vào khoa Sử trường Đại học Tổng hợp Hà Nội.[4] Đến năm 1967, ông tốt nghiệp và trở thành cán bộ nghiên cứu của Ban nghiên cứu Lịch sử Đảng Trung ương. Hai năm sau, ông vào chiến trường khu 5 và được phân về công tác ở báo Cờ Giải phóng khu V,[5] sau đó thì chuyển làm phóng viên chiến trường cho Tạp chí Văn nghệ Giải phóng Trung Trung Bộ.[6] Cũng từ đây, cuộc đời và tác phẩm của ông gắn liền với Quảng Nam - Đà Nẵng.

Năm 1975, sau khi hòa bình lập lại, ông tham gia Trại sáng tác Văn học Quân khu 5 (còn gọi là "Trại viết khu 5"). Trong ba năm từ 1980 đến 1983, ông về sáng tác cho Tạp chí Văn nghệ Quân đội. Sau năm 1983, ông chuyển ngành về Hội Văn nghệ Quảng Nam-Đà Nẵng đảm nhiệm Phó Chủ tịch Hội Văn hóa Nghệ thuật tỉnh Quảng Nam - Đà Nẵng kiêm Tổng biên tập tạp chí Đất Quảng.[7] Năm 1997, ông trở thành Phó Chủ tịch Liên hiệp các Hội Văn hóa Nghệ thuật thành phố Đà Nẵng, Chủ tịch đầu tiên của Hội Nhà văn Đà Nẵng kiêm Tổng biên tập tạp chí Non Nước cho đến khi về hưu.[8] Ông còn từng là đại diện Báo Văn nghệ (Hội Nhà văn) tại miền Trung, Ủy viên Ban Chấp hành Hội Nhà văn Việt Nam (khóa XI).[9][10]